Esistono almeno tre interpretazioni che spiegano l'origine del toponimo di Pedrengo:
- secondo una prima ipotesi l'antica denominazione del paese sarebbe stata "Petrignus", ovvero terra di Pietro
- secondo un'altra ipotesi, invece, il nome deriverebbe da "Patringum"
- infine secondo altri il toponimo troverebbe le sue origini in "Petrengum" o "Petrignum", da pietra, perchè l'antico borgo di origine romana sorgeva in una petraia (probabilmente in quello che doveva essere il letto di un fiume ormai prosciugato o i resti di un ghiacciaio che scendeva dalla Valle Seriana).
L'esistenza di Pedrengo è attestata per la prima volta in un documento del IX secolo, mentre in un atto del X secolo si fa espressamente riferimento alla "Basilica di S. Evasio in vico Petrigno".
Nel XIV secolo il paese fu sconvolto dalle lotte fra guelfi (filo-papali) e ghibellini (filo-imperiali), che comportarono la distruzione delle proprietà dei ghibellini Mazzo da Soiardi e Giovanni da Sale nel 1383.
Tuttavia il dominio guelfo durò fino al 1405, quando un esercito ghibellino li cacciò dal paese. Verso la metà del XV secolo Pedrengo passò sotto al dominio della Repubblica di Venezia, la quale concesse al paese insieme ad altri limitrofi "l'esclusione da carichi, balzelli ed oneri" per il valore dimostrato nel difendere la bastia di Scanzo.
Nonostante la relativa quiete che garantì il dominio veneziano, nel XVI secolo il paese fu sconvolto da un'epidemia di peste che decimò la popolazione ed impedì le normali attività sociali e commerciali.
A causa dei molti deceduti in poco tempo il lavoro dei campi ridusse notevolmente la sua produttività, così che l'agricoltura fu seriamente danneggiata e numerose famiglie sopravissute alla peste morirono per l'assenza di cibo.
Alla fine del XVII secolo, va notato che la parrocchia di Torre de' Roveri si distaccò da Pedrengo.
Durante i secoli 1700 e 1800 furono costruite grandi ville sul territorio di Pedrengo, visibili ancora oggi.
In seguito alla caduta della Repubblica Serenissima, le regioni della Lombardia e del Veneto vennero unificate dagli austriaci, che le governarono sino all'annessione al Regno d'Italia.